Οι αρμοδιότητες των Διευθύνσεων Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής που συνιστώνται σε όλες τις Περιφερειακές Ενότητες της Περιφέρειας Ηπείρου ανάγονται ιδίως στη μέριμνα για την ανάπτυξη και την ποιοτική βελτίωση των τομέων της φυτικής και ζωικής παραγωγής στην περιοχή των Περιφερειακών Ενοτήτων, τη λήψη των αναγκαίων μέτρων για την ανάπτυξη και τον εκσυγχρονισμό των αγροτικών εκμεταλλεύσεων, τη διενέργεια ελέγχων, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία για την προστασία του ζωικού κεφαλαίου στην περιφέρεια, την εξασφάλιση της υγείας των ζώων και τη λήψη μέτρων για την προστασία της δημόσιας υγείας σε κάθε Περιφερειακή Ενότητα.
Τις Διευθύνσεις Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής των Περιφερειακών Ενοτήτων απαρτίζουν τα εξής τμήματα:
α. Τμήμα Ποιοτικού και Φυτοϋγειονομικού Ελέγχου.
Το Τμήμα Ποιοτικού και Φυτοϋγειονομικού Ελέγχου είναι αρμόδιο ιδίως για το φυτοϋγειονομικό έλεγχο εισαγομένων και εξαγομένων γεωργικών προϊόντων, το φυτοϋγειονομικό έλεγχο πολλαπλασιασμού υλικού και των φυτωρίων, τον έλεγχο εφαρμογής οινικής νομοθεσίας σε οινοβιομηχανίες ως προς την παραγωγή, διακίνηση και εμπορία οινικών προϊόντων, τη χορήγηση φυτοϋγειονομικού διαβατηρίου, την εφαρμογή προγράμματος δακοκτονίας, αρουραιοκτονίας και ακριδοκτονίας, την επισήμανση και την παρακολούθηση της εξέλιξης εχθρών και ασθενειών των καλλιεργειών και την εφαρμογή μέτρων για την αντιμετώπισή τους, τη διενέργεια προγράμματος επισκοπήσεων για εχθρούς και ασθένειες καραντίνας, τον έλεγχο και τη διακίνηση φυτοπροστατευτικών προϊόντων, καθώς και για τον έλεγχο επί των εκμεταλλεύσεων, επιχειρήσεων και ενώσεων αυτών που εμπλέκονται σε οποιοδήποτε στάδιο παραγωγής και εμπορίας φυτών και φυτικών προϊόντων.
β. Τμήμα Φυτικής και Ζωικής Παραγωγής.
Το Τμήμα Φυτικής και Ζωικής Παραγωγής είναι αρμόδιο ιδίως για την υποβολή προτάσεων και μελετών για την εφαρμογή προγραμμάτων αναδιάρθρωσης των καλλιεργειών και την παρακολούθηση της εκτέλεσής τους, σε επίπεδο περιφερειακής ενότητας, για τη μελέτη των δυνατοτήτων ανάπτυξης και βελτίωσης της βοοτροφίας, αιγοπροβατοτροφίας, χοιροτροφίας, πτηνοτροφίας και λοιπών αγροτικών ζώων και την εισήγηση για τη λήψη των αναγκαίων μέτρων, για τη μελέτη και την αξιοποίηση των στοιχείων της παραγωγικής διαδικασίας και για τη μέριμνα για την εφαρμογή των προγραμμάτων βελτίωσης της ποιότητας προϊόντων φυτικής και ζωικής παραγωγής.
γ. Τμήμα Κτηνιατρικής.
Το Τμήμα Κτηνιατρικής είναι αρμόδιο ιδίως για τη διενέργεια των ελέγχων, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία, για την προστασία του ζωικού κεφαλαίου στην περιφερειακή ενότητα, την εξασφάλιση της υγείας των ζώων και για τη λήψη μέτρων για την προστασία της δημόσιας υγείας σε επίπεδο περιφερειακής ενότητας.
δ. Τμήμα Αλιείας.
Το Τμήμα Αλιείας είναι αρμόδιο ιδίως για τη μίσθωση με δημοπρασία των ιχθυοτρόφων υδάτων εν γένει, τον καθορισμό της προστατευτικής ζώνης πέριξ του τοποθετουμένου αλιευτικού εργαλείου, σε θαλάσσιους παραλιακούς χώρους, την απόφαση αυξομείωσης των συμβατικών δόσεων μίσθωσης ιχθυοτροφείου σε ιδιώτες, την υποβολή αιτήματος προς παροχή σύμφωνης γνώμης του Γενικού Επιτελείου Στρατού για τον καθορισμό των όρων των συμβάσεων εκμίσθωσης των εφαπτόμενων των συνόρων λιμνών ή ιχθυοτρόφων υδάτων, τη χορήγηση αδειών ίδρυσης συσκευαστηρίων νωπών αλιευμάτων και εργαστηρίων συσκευασίας και μεταποίησης κατεψυγμένων αλιευμάτων και την ίδρυση ιχθυοσκαλών, καθώς και για τον καθορισμό της έδρας αυτών.
ε. Τμήμα Τοπογραφίας, Εποικισμού και Αναδασμού, το οποίο συστήνεται στις Διευθύνσεις Αγροτικής Οικονομίας και Κτηνιατρικής των Περιφερειακών Ενοτήτων Άρτας, Θεσπρωτίας και Πρέβεζας.
Το Τμήμα Τοπογραφίας, Εποικισμού και Αναδασμού, είναι αρμόδιο ιδίως για την παραχώρηση εκτάσεων σε νομικά ή φυσικά πρόσωπα και Ο.Τ.Α., την εκποίηση, ανταλλαγή και προστασία εποικιστικών εκτάσεων και την έκδοση, διόρθωση και ακύρωση τίτλων κυριότητας, τη σύνταξη τοπογραφικών προγραμμάτων, τη συγκρότηση τοπογραφικών συνεργείων από τεχνικούς υπαλλήλους, τη σύνταξη, τήρηση, συμπλήρωση και ολοκλήρωση θεματικών χαρτών με στοιχεία που συλλέγονται επιτόπου, την περιοδική ενημέρωση των τοπικών θεματικών χαρτών με τις μεταβολές που έχουν σημειωθεί, τη χορήγηση βεβαιώσεων και διαγραμμάτων για την εξυπηρέτηση πολιτών, καθώς και την έρευνα των φακέλων των εργασιών για τον έλεγχο αιτημάτων.