Οι αρμοδιότητες της Διεύθυνσης Αγροτικής Οικονομίας ανάγονται ιδίως στην κατάρτιση ετήσιων και πολυετών περιφερειακών αναπτυξιακών προγραμμάτων για τη γεωργία, την κτηνοτροφία και την αλιεία, στην εκπόνηση και αξιολόγηση σχετικών μελετών και μέτρων πολιτικής, καθώς και στη μέριμνα για την ανάπτυξη και την ποιοτική βελτίωση της γεωργίας και της κτηνοτροφίας στον τομέα της φυτικής και της ζωικής παραγωγής αντίστοιχα, σε συνδυασμό με τη λήψη των αναγκαίων μέτρων για την ανάπτυξη και τον εκσυγχρονισμό των αγροτικών εκμεταλλεύσεων. Επικοινωνεί με τις αρμόδιες υπηρεσίες των καθ’ ύλην αρμόδιων Υπουργείων και εφαρμόζει τις εθνικές πολιτικές στα θέματα της αρμοδιότητάς της, σύμφωνα με τις οδηγίες τους, συνεργάζεται, επικοινωνεί και παρέχει πληροφορίες στους δήμους της περιοχής της περιφέρειας για τα θέματα της αρμοδιότητάς της και παρέχει τις κατευθυντήριες οδηγίες στις περιφερειακές υπηρεσίες, που ασκούν αρμοδιότητες γεωργίας, κτηνοτροφίας και αλιείας, σε επίπεδο περιφερειακής ενότητας. Στο πλαίσιο της συνεργασίας του προηγούμενου εδαφίου, είναι δυνατή η πραγματοποίηση κοινών εκδηλώσεων με τους Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης (ΟΤΑ) ή και άλλους φορείς για την καλύτερη ενημέρωση των αγροτών και την εν γένει εξυπηρέτησή τους.