Οι αρμοδιότητες της Διεύθυνσης Βιομηχανίας, Ενέργειας και Φυσικών Πόρων ανάγονται ιδίως στη χορήγηση αδειών ίδρυσης και λειτουργίας βιομηχανιών και βιοτεχνιών, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία, στον καθορισμό και τον αποχαρακτηρισμό λατομικών περιοχών, καθώς και στην άσκηση αρμοδιοτήτων που μεταφέρονται στην Περιφέρεια από την Κεντρική Διοίκηση. Προκειμένου να επιτυγχάνεται η αποτελεσματική εφαρμογή της βιομηχανικής νομοθεσίας στο σύνολό της και να υλοποιούνται οι γενικές κατευθύνσεις του αρμόδιου Υπουργείου σε θέματα βιομηχανικής πολιτικής, η Διεύθυνση Βιομηχανίας, Ενέργειας και Φυσικών Πόρων ενημερώνει το καθ΄ ύλην αρμόδιο για τα θέματα αυτά Υπουργείο για κάθε ζήτημα της αρμοδιότητάς της που ανακύπτει κατά την εφαρμογή της βιομηχανικής νομοθεσίας από τις συναρμόδιες Υπηρεσίες, με σκοπό την επίλυση των προβλημάτων και την παροχή διευκρινίσεων ή οδηγιών σε θέματα ερμηνείας της κείμενης νομοθεσίας. Η Διεύθυνση Βιομηχανίας, Ενέργειας και Φυσικών Πόρων παρέχει τις κατευθυντήριες οδηγίες στις περιφερειακές υπηρεσίες που ασκούν αρμοδιότητες βιομηχανίας, ενέργειας και φυσικών πόρων, σε επίπεδο περιφερειακής ενότητας.
Τη Διεύθυνση Βιομηχανίας, Ενέργειας και Φυσικών Πόρων απαρτίζουν τα εξής τμήματα:
α. Τμήμα Τεχνικών Εφαρμογών.
Το Τμήμα Τεχνικών Εφαρμογών είναι αρμόδιο ιδίως για τον έλεγχο και την παρακολούθηση όλων των σχετικών διοικητικών και τεχνικών θεμάτων και ζητημάτων που αφορούν θέματα ανάπτυξης, ενέργειας και φυσικών πόρων.
β. Τμήμα Διοικητικών Διαδικασιών.
Το Τμήμα Διοικητικών Διαδικασιών είναι αρμόδιο ιδίως για τον έλεγχο και την παρακολούθηση όλων των διοικητικών θεμάτων της Διεύθυνσης, την εξέταση προσφυγών και για τη διακίνηση των σχετικών κατευθυντήριων οδηγιών προς τις περιφερειακές υπηρεσίες που ασκούν αρμοδιότητες βιομηχανίας, ενέργειας και φυσικών πόρων.