Οι αρμοδιότητες της Διεύθυνσης Διοίκησης ανάγονται ιδίως στη διοικητική υποστήριξη των υπηρεσιών της Περιφέρειας, στη συνδρομή των οργάνων των υπηρεσιών αυτών για την εκπλήρωση των στόχων τους και της αποστολής τους, στην επεξεργασία στοιχείων για την εκτίμηση των αναγκών των υπηρεσιών σε προσωπικό, στη διαχείριση όλων των θεμάτων διοίκησης προσωπικού, καθώς και στα θέματα σχετικά με τη διενέργεια των εκλογών και τέλος στην εύρυθμη λειτουργία των συλλογικών οργάνων της Περιφέρειας.
Τη Διεύθυνση Διοίκησης απαρτίζουν τα εξής τμήματα:
α. Τμήμα Προσωπικού.
Το Τμήμα Προσωπικού είναι αρμόδιο ιδίως για όλα τα θέματα που άπτονται της υπηρεσιακής κατάστασης όλου του προσωπικού της Περιφέρειας και εκδίδει τις σχετικές πράξεις για το προσωπικό αυτό, για τις οποίες απαιτείται γνώμη συλλογικού οργάνου, καθώς και όλες τις ατομικές πράξεις που αφορούν το προσωπικό της Περιφερειακής Ενότητας, στην οποία βρίσκεται η έδρα της Περιφέρειας.
β. Τμήμα Συλλογικών Οργάνων.
Το Τμήμα Συλλογικών Οργάνων είναι αρμόδιο ιδίως για την υποστήριξη των συλλογικών οργάνων διοίκησης της Περιφέρειας και την τήρηση μητρώου και αρχείου των πράξεών τους.
γ. Τμήμα Γραμματείας.
Στο Τμήμα Γραμματείας οργανώνεται, ταξινομείται και τηρείται το κεντρικό πρωτόκολλο, καθώς και το φυσικό και ηλεκτρονικό αρχείο των υπηρεσιών της Περιφέρειας, πλην των υπηρεσιών που έχουν ιδιαίτερο τμήμα γραμματείας. Το Τμήμα αυτό είναι αρμόδιο για τη διακίνηση της αλληλογραφίας της Περιφέρειας, την επικύρωση αντιγράφων και φωτοαντιγράφων, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία, τη βεβαίωση του γνησίου της υπογραφής, καθώς και για τη χορήγηση της επισημείωσης της Σύμβασης της Χάγης σε έγγραφα των υπηρεσιών της Περιφέρειας.