Οι αρμοδιότητες της Διεύθυνσης Κτηνιατρικής ανάγονται ιδίως στη μέριμνα για την προστασία του ζωικού κεφαλαίου σε όλη την Περιφέρεια, την εξασφάλιση της υγείας των ζώων, τη λήψη αποφάσεων για ασθένειες ζώων που μπορεί να έχουν επιδημικό χαρακτήρα, καθώς και στη λήψη μέτρων για την προστασία της δημόσιας υγείας.Η Διεύθυνση Κτηνιατρικής επικοινωνεί με τις αρμόδιες υπηρεσίες των καθ’ ύλην αρμόδιων Υπουργείων, εφαρμόζει τις εθνικές και κοινοτικές πολιτικές στα θέματα της αρμοδιότητάς της, σύμφωνα με τις οδηγίες τους. Η Διεύθυνση Κτηνιατρικής συνεργάζεται, επικοινωνεί και παρέχει πληροφορίες στους Ο.Τ.Α. α΄ βαθμού της Περιφέρειας για τα θέματα της αρμοδιότητάς της και παρέχει τις κατευθυντήριες οδηγίες στις περιφερειακές υπηρεσίες, που ασχολούνται με θέματα Κτηνιατρικής, σε επίπεδο περιφερειακής ενότητας.
Τη Διεύθυνση Κτηνιατρικής απαρτίζουν τα εξής τμήματα:
α. Τμήμα Υγείας των Ζώων.
Το Τμήμα Υγείας των Ζώων είναι αρμόδιο ιδίως για την έρευνα και τη μελέτη κάθε θέματος που σχετίζεται με την υγιεινή κατάσταση του ζωικού κεφαλαίου, χερσαίου, υδρόβιου και αμφίβιου και την προστασία γενικά της υγείας των ζώων, την εκτέλεση προγράμματος παραγωγής ζωοτροφών, τον ορισμό σφαγείων, στα οποία θα οδηγούνται τα αφικνούμενα στη χώρα μας ζώα σφαγής, τη διενέργεια αναγκαστικών προληπτικών εμβολιασμών κατά λοιμωδών νοσημάτων διαφόρων ζώων, καθώς και για τη λήψη μέτρων σε περίπτωση υποψίας και βεβαιωμένης εμφάνισης γρίπης των ορνίθων.
β. Τμήμα Κτηνιατρικής Δημόσιας Υγείας.
Το Τμήμα Κτηνιατρικής Δημόσιας Υγείας είναι αρμόδιο ιδίως για τη χορήγηση ή ανάκληση άδειας ίδρυσης και λειτουργίας σε σφαγεία για τη σφαγή όλων των ειδών των ζώων, την εφαρμογή της κοινοτικής νομοθεσίας σε θέματα αρμοδιότητάς του, τη χορήγηση αδειών ίδρυσης και λειτουργίας εργαστηρίων και μονάδων τυποποίησης, επεξεργασίας, τεμαχισμού κρέατος, τη χορήγηση άδειας και λειτουργίας ιχθυοσκαλών, συσκευαστηρίων νωπών αλιευμάτων και εργαστηρίων μεταποίησης και συσκευασίας κατεψυγμένων αλιευμάτων, την τήρηση μητρώου εμπόρων εισαγωγών και εξαγωγών τροφίμων ζωικής προέλευσης, καθώς και για κάθε είδους αδειοδότηση, σύμφωνα με την κοινοτική
νομοθεσία, η οποία έχει ανατεθεί στην Περιφέρεια από την Κεντρική Διοίκηση.
γ. Τμήμα Κτηνιατρικής Αντίληψης Φαρμάκων.
Το Τμήμα Κτηνιατρικής Αντίληψης Φαρμάκων είναι αρμόδιο ιδίως για την εν γένει παρακολούθηση της άσκησης του ελεύθερου κτηνιατρικού επαγγέλματος στην περιοχή αρμοδιότητάς του, τη χορήγηση άδειας ίδρυσης και λειτουργίας κλινικής μικρών ζώων, κτηνιατρικών κλινικών και ενδιαιτημάτων ζώων, τη μέριμνα εφαρμογής της νομοθεσίας για την προστασία των ζώων και την εμπορία των ζώων συντροφιάς, καθώς και για τη διαχείριση και καταγραφή μητρώου κτηνοτρόφων.