Το Τμήμα Κτηνιατρικής είναι αρμόδιο ιδίως για τη διενέργεια των ελέγχων, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία, για την προστασία του ζωικού κεφαλαίου στην περιφερειακή ενότητα, την εξασφάλιση της υγείας των ζώων και για τη λήψη μέτρων για την προστασία της δημόσιας υγείας σε επίπεδο περιφερειακής ενότητας.