Στο Τμήμα Λογιστικής Διαχείρισης είναι αρμόδιο ιδίως για στην εκκαθάριση και εντολή δαπανών, από της εκδόσεως της κανονιστικής πράξεως της παρ. 12 του άρθρου 268 του ν. 3852/2010 και μέχρι εκδόσεως αυτής, για τη συγκέντρωση και έλεγχο των δικαιολογητικών των χρηματικών ενταλμάτων πληρωμής που αφορούν στην περιφερειακή ενότητα και προώθησης αυτών στην οικεία Υπηρεσία Δημοσιονομικού Ελέγχου και εφόσον απαιτείται στα οικεία αρμόδια όργανα του Ελεγκτικού Συνεδρίου, τόσο των χρηματικών ενταλμάτων πληρωμής, όσο και των συμβάσεων που υπάγονται στον προληπτικό έλεγχο αυτού. Κατά τον ίδιο τρόπο, το Τμήμα αυτό είναι αρμόδιο για την έκδοση των χρηματικών ενταλμάτων προπληρωμής και πάγιας προκαταβολής, καθώς και για την παρακολούθηση της απόδοσής τους. Μελετά και αξιοποιεί όλες τις δυνατότητες δημιουργίας και απόκτησης εσόδων από την Περιφερειακή Ενότητα και επιμελείται για τον έλεγχο και τη βεβαίωση των εσόδων από φόρους, τέλη, δικαιώματα, εισφορές, έσοδα από ακίνητα και άλλες πηγές και παρακολουθεί την απόδοσή τους. Επιμελείται των φορολογικών διαφορών, καθώς και της διαγραφής και επιστροφής εσόδων. Προστατεύει και διαχειρίζεται την περιουσία της Περιφερειακής Ενότητας και τηρεί τα προβλεπόμενα από τις κείμενες διατάξεις δικαιολογητικά, αρχεία και βιβλία
