Το Τμήμα Περιβαλλοντικής Υγιεινής και Υγειονομικού Ελέγχου είναι αρμόδιο για την εξασφάλιση της δημόσιας υγείας με τον υγειονομικό έλεγχο και ιδίως για την εφαρμογή της υγειονομικής νομοθεσίας, την έκδοση τοπικών υγειονομικών διατάξεων, τη λήψη μέτρων σε θέματα δημόσιας υγιεινής, την επιβολή κυρώσεων, την έκδοση γνωματεύσεων για τη χορήγηση αδειών όλων των επιχειρήσεων υγειονομικού ενδιαφέροντος, για την εξασφάλιση της υγιεινής του περιβάλλοντος και ιδίως για την έκδοση γνωματεύσεων για άδεια διάθεσης αποβλήτων, ηχομετρήσεις, έλεγχο ύδρευσης και για τη λήψη μέτρων σε θέματα υγιεινής περιβάλλοντος, σε επίπεδο περιφερειακής ενότητας, καθώς για αρμοδιότητες δημόσιας υγιεινής και ταξιδιωτικής ιατρικής.