Το Τμήμα Προγραμματισμού είναι αρμόδιο ιδίως για την κατάρτιση ετήσιων και πολυετών περιφερειακών αναπτυξιακών προγραμμάτων για τη γεωργία, την κτηνοτροφία και την αλιεία, καθώς και για την εκπόνηση και αξιολόγηση σχετικών μελετών και μέτρων πολιτικής, για την παρακολούθηση εκτέλεσης των ανωτέρω προγραμμάτων, την έγκριση, τον έλεγχο και την παραλαβή έργων και εργασιών περιφερειακού επιπέδου, τη διαφύλαξη και προστασία της γεωργικής γης από αλλαγή χρήσης της και ιδιαίτερα της γεωργικής γης με υψηλή παραγωγικότητα, τη σύνταξη τομεακών και λοιπών προγραμμάτων έργων υποδομής για τη μεταποίηση αγροτικών προϊόντων και την πρόταση για την ένταξή τους σε τομεακά εθνικά προγράμματα, την αντιμετώπιση των τεχνικών, οικονομικών και διαρθρωτικών προβλημάτων των γεωργικών εκμεταλλεύσεων, την κατάρτιση μελετών και εφαρμογή προγραμμάτων ανάπτυξης του ιχθυοπονικού πλούτου των ορεινών ρεόντων υδάτων, σε συνεργασία με τις αρμόδιες δασικές υπηρεσίες, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία, καθώς και για την κατάρτιση μελετών ανάπτυξης του ιχθυοπονικού εν γένει πλούτου.
