Το Τμήμα Προσωπικού και Μισθοδοσίας είναι αρμόδιο ιδίως για όλα τα θέματα που άπτονται της υπηρεσιακής κατάστασης του προσωπικού της Περιφερειακής Ενότητας. Εκδίδει τις σχετικές ατομικές πράξεις για το προσωπικό αυτό, για τις οποίες δεν απαιτείται γνώμη συλλογικού οργάνου. Διενεργεί την εκκαθάριση της μισθοδοσίας και των πάσης φύσεως αποδοχών του προσωπικού της Περιφερειακής Ενότητας, ανεξαρτήτως σχέσης εργασίας. Μεριμνά για την απόδοση των ασφαλιστικών κρατήσεων, τηρεί σχετικά αρχεία και εκδίδει κάθε μορφής βεβαίωση μισθοδοσίας και μισθοδοτικών καταστάσεων και συντάσσει τα δικαιολογητικά συνταξιοδότησης.