Το Τμήμα Προϋπολογισμού και Λογιστικής Διαχείρισης είναι αρμόδιο ιδίως για τη συγκέντρωση και επεξεργασία των αναγκαίων στοιχείων, που αφορούν στην κατάρτιση, τροποποίηση και παρακολούθηση εκτέλεσης του προϋπολογισμού, τη σύνταξη του απολογισμού και των λοιπών οικονομικών καταστάσεων και τη μελέτη της δανειοληπτικής δυνατότητας της Περιφέρειας. Ειδικότερα, για την Περιφερειακή Ενότητα, στην οποία βρίσκεται η έδρα της Περιφέρειας, την εκκαθάριση και εντολή δαπανών, από της εκδόσεως της κανονιστικής πράξεως της παρ. 12 του άρθρου 268 του ν.3852/2010 και μέχρι εκδόσεως αυτής, για τη συγκέντρωση και έλεγχο των δικαιολογητικών των χρηματικών ενταλμάτων πληρωμής και προώθησης αυτών στην Υπηρεσία Δημοσιονομικού Ελέγχου και εφόσον απαιτείται στα αρμόδια όργανα του Ελεγκτικού Συνεδρίου, τόσο των χρηματικών ενταλμάτων πληρωμής, όσο και των συμβάσεων που υπάγονται στον προληπτικό έλεγχο αυτού. Κατά τον ίδιο τρόπο, το Τμήμα αυτό είναι αρμόδιο για την έκδοση των χρηματικών ενταλμάτων προπληρωμής και πάγιας προκαταβολής, για την παρακολούθηση της απόδοσής τους, τον έλεγχο όλων των συμβάσεων οικονομικού αντικειμένου, καθώς και την τήρηση δικαιολογητικών, αρχείων και βιβλίων, που προβλέπονται από τις κείμενες διατάξεις.