Το Τμήμα Φυτικής και Ζωικής Παραγωγής είναι αρμόδιο ιδίως για την εφαρμογή προγραμμάτων και τη λήψη μέτρων για τη βελτίωση της δενδροκομίας, της αμπελουργίας, των φυτών μεγάλης καλλιέργειας, των κηπευτικών, καθώς και των καλλωπιστικών και φαρμακευτικών φυτών, τη μελέτη και τον προγραμματισμό διατήρησης της γονιμότητας και βελτίωσης των γεωργικών εδαφών, την εφαρμογή όλων των αγροπεριβαλλοντικών προγραμμάτων και την παρακολούθηση της εκτέλεσής τους, καθώς και για τον έλεγχο και παρακολούθηση παραγωγής προϊόντων Προστατευόμενης Ονομασίας Προέλευσης (ΠΟΠ) και Προστατευόμενης Γεωγραφικής Ένδειξης (ΠΓΕ) φυτικής και ζωικής προέλευσης, τη ρύθμιση θεμάτων που προκύπτουν από τη χωροθέτηση της γεωργικής γης και των βοσκοτόπων, την αλλαγή της χρήσης τους και εγγειοδιαρθρωτικές επεμβάσεις στις ιδιωτικές γεωργικές εκμεταλλεύσεις και τη μελέτη των σχετικών προβλημάτων, σε συνεργασία με τις λοιπές υπηρεσίες της Περιφέρειας, καθώς και για κάθε άλλο θέμα που αφορά την ανάπτυξη της γεωργικής και ζωικής παραγωγής στην περιοχή της περιφέρειας που δεν ανατίθεται σε άλλη διεύθυνση ή τμήμα.
