Το Τμήμα Αλιείας είναι αρμόδιο ιδίως για τη μίσθωση, με δημοπρασία, των ιχθυοτρόφων υδάτων, εν γένει, τον καθορισμό της προστατευτικής ζώνης πέριξ του τοποθετουμένου αλιευτικού εργαλείου, σε θαλάσσιους παραλιακούς χώρους, την απόφαση αυξομείωσης των συμβατικών δόσεων μίσθωσης ιχθυοτροφείου σε ιδιώτες, την υποβολή αιτήματος προς παροχή σύμφωνης γνώμης του Γενικού Επιτελείου Στρατού για τον καθορισμό των όρων των συμβάσεων εκμίσθωσης των εφαπτόμενων των συνόρων λιμνών ή ιχθυοτρόφων υδάτων, τη χορήγηση αδειών ίδρυσης συσκευαστηρίων νωπών αλιευμάτων και εργαστηρίων συσκευασίας και μεταποίησης κατεψυγμένων αλιευμάτων και την ίδρυση ιχθυοσκαλών, καθώς και για τον καθορισμό της έδρας αυτών.
