Στο Τμήμα Εφαρμογής Προγραμμάτων και Έργων υπάγονται ιδίως οι εξής αρμοδιότητες:
1)Η υποστήριξη της Εκτελεστικής Επιτροπής κατά την υλοποίηση και αξιολόγηση του Επιχειρησιακού Προγράμματος.
2)Η συνεργασία με τις υπηρεσίες της περιφέρειας και τα νομικά της πρόσωπα για τη σύνταξη ενδιάμεσων και τελικών εκθέσεων αξιολόγησης του Επιχειρησιακού Προγράμματος.
3)Ο σχεδιασμός και η εισήγηση συστημάτων και μεθόδων μέτρησης της αποτελεσματικότητας και αποδοτικότητας των υπηρεσιών της περιφέρειας και των νομικών της προσώπων (διαδικασίες, δείκτες κλπ).
4)Η διαμόρφωση και εισήγηση περιοδικών στόχων για τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας και αποδοτικότητας των υπηρεσιών της περιφέρειας και των νομικών της προσώπων.
5)Η συγκέντρωση στοιχείων και δεδομένων που αναφέρονται στην αποδοτικότητα και αποτελεσματικότητα των υπηρεσιών και στην επίτευξη των σχετικών περιοδικών τους στόχων, η παρακολούθηση της εξέλιξής τους, η επεξεργασία των στοιχείων και η έκδοση ενημερωτικών αναφορών.
6)Η διατύπωση, ετησίως, των εκθέσεων αποδοτικότητας και αποτελεσματικότητας των υπηρεσιών και των νομικών προσώπων.
7)Η εκπόνηση γενικών και ειδικών αναπτυξιακών μελετών που αφορούν τη χωρική αρμοδιότητα της Περιφέρειας.
8)Η τελική διαμόρφωση, η μέριμνα για την έγκριση και η παρακολούθηση της εκτέλεσης των ετήσιων Προγραμμάτων Δημοσίων Επενδύσεων περιφερειακού επιπέδου.
9) Η παρακολούθηση της πορείας υλοποίησης, η διενέργεια ελέγχων στους φορείς υλοποίησης έργων που χρηματοδοτούνται με εθνικούς πόρους για την τήρηση των δεσμεύσεων, τη νομιμότητα και κανονικότητα των δαπανών, την υλοποίηση του φυσικού αντικειμένου και την αξιοπιστία των οικονομικών στοιχείων.
10)Η παρακολούθηση της υλοποίησης των έργων που χρηματοδοτούνται με εθνικούς πόρους από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων ή άλλους πόρους και η κατανομή των πιστώσεων από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων.
11)Η κατανομή των αντίστοιχων ποσών και η έγκριση της εκταμίευσής τους από τους λογαριασμούς, που τηρεί το Περιφερειακό Ταμείο Ανάπτυξης στην Τράπεζα της Ελλάδος.
12)Ο προσδιορισμός των δικαιούχων των πιστώσεων των έργων που εγκρίνονται, όπου αυτό απαιτείται.
13)Η παρακολούθηση και η αξιολόγηση του σχεδιασμού και της υλοποίησης όλων των αναπτυξιακών και θεσμικών παρεμβάσεων στη χωρική αρμοδιότητά της.