Στο Τμήμα Εργαστηρίων υπάγονται ιδίως οι αρμοδιότητες που ανάγονται στον έλεγχο τήρησης εφαρμογής των προδιαγραφών και κανονισμών που αφορούν τα υλικά και τους τρόπους κατασκευής των δημοσίων έργων, που κατ’ αρμοδιότητα ανήκουν στην Περιφέρεια και ασκούνται σε επίπεδο περιφερειακής ενότητας.