Το Τμήμα Φαρμάκων και Φαρμακείων είναι αρμόδιο ιδίως για τη χορήγηση φαρμάκων, την έκδοση αποφάσεων χορήγησης ναρκωτικών σε καρκινοπαθείς, τη θεώρηση μπλοκ χορήγησης ναρκωτικών ιδιωτών γιατρών και νοσηλευτικών ιδρυμάτων, την παρακολούθηση κίνησης ναρκωτικών και λοιπών φαρμάκων των φαρμακείων και των νοσηλευτικών ιδρυμάτων, την έγκριση νοσηλίων και τη συγκέντρωση συνταγών του Οργανισμού Γεωργικών Ασφαλίσεων (ΟΓΑ) όλων των φαρμακείων όπου δεν υπάρχει υποκατάστημα του ΟΓΑ, την έκδοση αδειών ίδρυσης και λειτουργίας φαρμακείων και φαρμακαποθηκών, τον έλεγχο αυτών και την παρακολούθηση του βοηθητικού προσωπικού των φαρμακείων.
