Στο Τμήμα Γραμματείας οργανώνεται, ταξινομείται και τηρείται το κεντρικό πρωτόκολλο, καθώς και το φυσικό και ηλεκτρονικό αρχείο των υπηρεσιών της Περιφέρειας, πλην των υπηρεσιών, οι οποίες διαθέτουν ιδιαίτερο τμήμα γραμματείας. Το Τμήμα αυτό είναι αρμόδιο ιδίως για τη διακίνηση της αλληλογραφίας της περιφέρειας, την επικύρωση αντιγράφων και φωτοαντιγράφων, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία, τη βεβαίωση του γνησίου της υπογραφής, καθώς και για τη χορήγηση της επισημείωσης της Σύμβασης της Χάγης σε έγγραφα των υπηρεσιών της Περιφέρειας.