Στο Τμήμα Μισθοδοσίας είναι αρμόδιο ιδίως για την εκκαθάριση της μισθοδοσίας και των πάσης φύσεως αποδοχών του προσωπικού της Περιφερειακής Ενότητας, στην οποία βρίσκεται η έδρα της Περιφέρειας, ανεξαρτήτως σχέσης εργασίας, καθώς και της αντιμισθίας, των εξόδων κίνησης και των αποζημιώσεων από τη συμμετοχή σε συνεδριάσεις των αιρετών οργάνων όλης της Περιφέρειας. Το Τμήμα Μισθοδοσίας μεριμνά για την απόδοση των ασφαλιστικών κρατήσεων, τηρεί σχετικά αρχεία και εκδίδει κάθε μορφής βεβαίωση μισθοδοσίας και μισθοδοτικών καταστάσεων και συντάσσει τα δικαιολογητικά συνταξιοδότησης.
