Στο Τμήμα Περιβάλλοντος υπάγονται ιδίως οι αρμοδιότητες του τομέα περιβάλλοντος οι οποίες έχουν ανατεθεί στις περιφέρειες σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία και ανάγονται στον έλεγχο τήρησης των περιβαλλοντικών όρων για δραστηριότητες και έργα, σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία, στη λήψη μέτρων για την προστασία του περιβάλλοντος και στην εφαρμογή μέτρων, προγραμμάτων και δράσεων της Περιφέρειας.