Το Τμήμα Ποιοτικού και Φυτοϋγειονομικού Ελέγχου είναι αρμόδιο ιδίως για το φυτοϋγειονομικό έλεγχο εισαγομένων και εξαγομένων γεωργικών προϊόντων, το φυτοϋγειονομικό έλεγχο πολλαπλασιασμού υλικού και των φυτωρίων, τον έλεγχο εφαρμογής οινικής νομοθεσίας σε οινοβιομηχανίες ως προς την παραγωγή, διακίνηση και εμπορία οινικών προϊόντων, τη χορήγηση φυτοϋγειονομικού διαβατηρίου, την εφαρμογή προγράμματος δακοκτονίας, αρουραιοκτονίας και ακριδοκτονίας, την επισήμανση και την παρακολούθηση της εξέλιξης εχθρών και ασθενειών των καλλιεργειών και την εφαρμογή μέτρων για την αντιμετώπισή τους, τη διενέργεια προγράμματος επισκοπήσεων για εχθρούς και ασθένειες καραντίνας, τον έλεγχο και τη διακίνηση φυτοπροστατευτικών προϊόντων, καθώς και για τον έλεγχο επί των εκμεταλλεύσεων, επιχειρήσεων και ενώσεων αυτών που εμπλέκονται σε οποιοδήποτε στάδιο παραγωγής και εμπορίας φυτών και φυτικών προϊόντων.
