Το Τμήμα Πρόληψης και Προαγωγής της Υγείας είναι αρμόδιο ιδίως για την ανάπτυξη εκείνων των διαδικασιών μέσω των οποίων τα άτομα γίνονται ικανά να αναπτύξουν τον έλεγχο πάνω στην υγεία τους και να τη βελτιώσουν, την εκπόνηση και εφαρμογή προγραμμάτων προληπτικής ιατρικής, οδοντιατρικής, ψυχικής υγιεινής, κοινωνικής επανένταξης και αποϊδρυματοποίησης χρονίως ψυχικά πασχόντων, την πρόληψη εξαρτήσεων από εξαρτησιογόνες ουσίες, την αντιμετώπιση του αλκοολισμού, την κατάχρηση ουσιών, τις ψυχικές εξαρτήσεις και τον εθισμό. Το Τμήμα Πρόληψης και Προαγωγής της Υγείας συνεργάζεται με το καθ’ ύλην αρμόδιο Υπουργείο και με φορείς για την υλοποίηση προγραμμάτων Δημόσιας Υγείας.