Το Τμήμα Ταμειακής Υπηρεσίας είναι αρμόδιο ιδίως για τη διεξαγωγή όλων των συναφών με την ταμειακή διαχείριση υποθέσεων της Περιφερειακής Ενότητας και ιδίως για τη διενέργεια των πληρωμών και εξόφλησης των χρηματικών ενταλμάτων πληρωμής για κάθε είδους δαπάνη, για την είσπραξη όλων των εσόδων και την τήρηση αρχείων, παραστατικών και βιβλίων, που προβλέπονται από σχετικές διατάξεις περί ταμειακής διαχείρισης. Τηρεί το φυσικό ταμείο της Περιφερειακής Ενότητας και διενεργεί τις χρηματικές δοσοληψίες με τις τράπεζες.
