Οι αρμοδιότητες της Διεύθυνσης Δημόσιας Υγείας ανάγονται ιδίως στη διαφύλαξη και βελτίωση της υγείας και της ευεξίας του πληθυσμού (τοπικού – παγκόσμιου, μετακινούμενου και μη) μέσω πολυτομεακών συνεργασιών και πρακτικών που αποσκοπούν στην προάσπιση και προαγωγή της υγείας και της ευεξίας του ατόμου ώστε να είναι ικανό να αναπτύξει τον έλεγχο πάνω στην υγεία του και να τη βελτιώσει, τον εκσυγχρονισμό, τον έλεγχο και την προστασία των επαγγελμάτων και των υπηρεσιών υγείας με σαφή προσανατολισμό την ποιότητα ζωής ασθενών και μη, και με βάση τις ανάγκες ευάλωτων ομάδων του πληθυσμού, καθώς και στην προστασία και προαγωγή της υγείας με την ανάπτυξη προγραμμάτων αγωγής υγείας, πρόληψης και προαγωγής της υγείας.
Τη Διεύθυνση Δημόσιας Υγείας απαρτίζουν τα εξής τμήματα:
α. Τμήμα Υπηρεσιών και Επαγγελμάτων Υγείας.
Το Τμήμα Υπηρεσιών και Επαγγελμάτων Υγείας είναι αρμόδιο ιδίως για τη χορήγηση και ανάκληση αδειών άσκησης επαγγελμάτων υγείας, τη χορήγηση αδειών ίδρυσης και λειτουργίας ιδιωτικών κλινικών, ιδιωτικών προνοιακών επιχειρήσεων, ιατρείων, οδοντιατρείων, εργαστηρίων και πάσης φύσεως χώρων άσκησης ιδιωτικού επαγγέλματος υγείας και πρόνοιας, την άδεια ίδρυσης – λειτουργίας – σκοπιμότητας φορέων Πρωτοβάθμιας Φροντίδας Υγείας, την εποπτεία ιατρικών, οδοντιατρικών, φαρμακευτικών συλλόγων, τη χορήγηση αδειών ίδρυσης και λειτουργίας Μονάδων Ψυχικής Υγείας, την επιβολή κυρώσεων σε ιατρούς και οδοντιάτρους, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία, την επιβολή κυρώσεων σε ιατρούς και οδοντιάτρους οι οποίοι αναγράφουν ναρκωτικά σε απλές συνταγές και όχι στις ειδικές για το σκοπό αυτό, καθώς και στους φαρμακοποιούς που πωλούν ναρκωτικά με απλές και όχι με ειδικές συνταγές.
β. Τμήμα Δημόσιας Υγιεινής.
Το Τμήμα Δημόσιας Υγιεινής είναι αρμόδιο ιδίως για την εκπόνηση και εφαρμογή προγραμμάτων δημόσιας υγιεινής, τη διαφύλαξη της υγείας των ταξιδιωτών και προάσπιση της δημόσιας υγείας, τους εμβολιασμούς μετακινούμενου πληθυσμού, τη χορήγηση προληπτικής, φαρμακευτικής αγωγής όπως χημειοπροφύλαξη, την ενημέρωση για την αντιμετώπιση των ασθενειών και οδηγίες για νοσήματα, για την κατανάλωση νερού και τροφίμων, για τις επιδημίες λοιμωδών νοσημάτων σε διάφορες χώρες και για τη λήψη μέτρων για την πρόληψη λοιμωδών νοσημάτων.
γ. Τμήμα Πρόληψης και Προαγωγής της Υγείας.
Το Τμήμα Πρόληψης και Προαγωγής της Υγείας είναι αρμόδιο ιδίως για την ανάπτυξη εκείνων των διαδικασιών μέσω των οποίων τα άτομα γίνονται ικανά να αναπτύξουν τον έλεγχο πάνω στην υγεία τους και να τη βελτιώσουν, την εκπόνηση και εφαρμογή προγραμμάτων προληπτικής ιατρικής, οδοντιατρικής, ψυχικής υγιεινής, κοινωνικής επανένταξης και αποϊδρυματοποίησης χρονίως ψυχικά πασχόντων, την πρόληψη εξαρτήσεων από εξαρτησιογόνες ουσίες, την αντιμετώπιση του αλκοολισμού, την κατάχρηση ουσιών, τις ψυχικές εξαρτήσεις και τον εθισμό. Το Τμήμα Πρόληψης και Προαγωγής της Υγείας συνεργάζεται με το καθ’ ύλην αρμόδιο Υπουργείο και με φορείς για την υλοποίηση προγραμμάτων Δημόσιας Υγείας.