Το Τμήμα Κτηνιατρικής Αντίληψης Φαρμάκων είναι αρμόδιο ιδίως για την εν γένει παρακολούθηση της άσκησης του ελεύθερου κτηνιατρικού επαγγέλματος στην περιοχή αρμοδιότητάς του, τη χορήγηση άδειας ίδρυσης και λειτουργίας κλινικής μικρών ζώων, κτηνιατρικών κλινικών και ενδιαιτημάτων ζώων, τη μέριμνα εφαρμογής της νομοθεσίας για την προστασία των ζώων και την εμπορία των ζώων συντροφιάς, καθώς και για τη διαχείριση και καταγραφή μητρώου κτηνοτρόφων.