Το Τμήμα Αλιείας είναι αρμόδιο ιδίως για τη διοίκηση, διαχείριση και εκμετάλλευση των ιχθυοτρόφων εν γένει υδάτων, τον καθορισμό προστατευτικής ζώνης εκμισθουμένου ιχθυοτροφείου, το χαρακτηρισμό ως γεωργικών επιχειρήσεων βιοτεχνικών και βιομηχανικών εγκαταστάσεων που αφορούν υδατοκαλλιεργητικές εκμεταλλεύσεις, την έκδοση απόφασης επιλογής του τρόπου εκμετάλλευσης των ιχθυοτρόφων υδάτων.
