Το Τμήμα Υγείας των Ζώων είναι αρμόδιο ιδίως για την έρευνα και τη μελέτη κάθε θέματος που σχετίζεται με την υγιεινή κατάσταση του ζωικού κεφαλαίου, χερσαίου, υδρόβιου και αμφίβιου και την προστασία γενικά της υγείας των ζώων, την εκτέλεση προγράμματος παραγωγής ζωοτροφών, τον ορισμό σφαγείων, στα οποία θα οδηγούνται τα αφικνούμενα στη χώρα μας ζώα σφαγής, τη διενέργεια αναγκαστικών προληπτικών εμβολιασμών κατά λοιμωδών νοσημάτων διαφόρων ζώων, καθώς και για τη λήψη μέτρων σε περίπτωση υποψίας και βεβαιωμένης εμφάνισης γρίπης των ορνίθων.