Το Τμήμα Φυτικής και Ζωικής Παραγωγής είναι αρμόδιο ιδίως για την υποβολή προτάσεων και μελετών για την εφαρμογή προγραμμάτων αναδιάρθρωσης των καλλιεργειών και την παρακολούθηση της εκτέλεσής τους, σε επίπεδο περιφερειακής ενότητας, τη μελέτη των δυνατοτήτων ανάπτυξης και βελτίωσης της βοοτροφίας, αιγοπροβατοτροφίας, χοιροτροφίας, πτηνοτροφίας και λοιπών αγροτικών ζώων και την εισήγηση για τη λήψη των αναγκαίων μέτρων, τη μελέτη και την αξιοποίηση των στοιχείων της παραγωγικής διαδικασίας, καθώς και για τη μέριμνα για την εφαρμογή των προγραμμάτων βελτίωσης της ποιότητας προϊόντων φυτικής και ζωικής παραγωγής.