Το Τμήμα Κτηνιατρικής Δημόσιας Υγείας είναι αρμόδιο ιδίως για τη χορήγηση ή ανάκληση άδειας ίδρυσης και λειτουργίας σε σφαγεία για τη σφαγή όλων των ειδών των ζώων, την εφαρμογή της κοινοτικής νομοθεσίας σε θέματα αρμοδιότητάς του, τη χορήγηση αδειών ίδρυσης και λειτουργίας εργαστηρίων και μονάδων τυποποίησης, επεξεργασίας, τεμαχισμού κρέατος, τη χορήγηση άδειας και λειτουργίας ιχθυοσκάλων, συσκευαστηρίων νωπών αλιευμάτων και εργαστηρίων μεταποίησης και συσκευασίας κατεψυγμένων αλιευμάτων, την τήρηση μητρώου εμπόρων εισαγωγών και εξαγωγών τροφίμων ζωικής προέλευσης, καθώς και για κάθε είδους αδειοδότηση, σύμφωνα με την κοινοτική νομοθεσία, η οποία έχει ανατεθεί στην Περιφέρεια από την Κεντρική Διοίκηση.
